Ağa Kapısı, İstanbul’da yeniçeri ağasının görev yaptığı yer.
II. Bayezid padişaha çok yakından bağlılığı her şeyden çok önem taşıyan yeniçeri ağasının ocak içinden seçilmesi ve ocakta oturması geleneğine son verince, giderek gelişip karmaşıklaşan saray teşkilatının Enderun bölümünden yetişen yeni ocak ağaları için Çarşıkapı’da, büyük bir olasılıkla Türbe yakınlarında yeni bir bina yapıldı. Daha sonra, bugün Beyazıt’ta İstanbul Üniversitesi’nin bulunduğu alanda yer alan Eski Saray’ın arkasına inşa edilen yeni binalar, yeniçeri ağasının hem özel konutu, hem de çalışma yeri olarak kullanılmaya başladı. Harem ve selamlık bölümleri dışında resmi nitelikli daire-i hümayun, divan dairesi, silahdar ağa odası, kul kethüdası, topçu ve top arabacısı kethüdalan daireleri, vekilharç ve kethüda yeri dairesi gibi birimler, her birimde de kalem odası, başağa, şakirt, rüus, karakulak ağası, yamak mehterbaşı odaları denen bürolar vardı.
Ağa kapısında ayrıca cami, mescit, zindan ve hapishane, imamhane denen kadın tutukevi, yangınları görmek için yapılmış harik köşkü de vardı. Ağa kerhanesinde ise yeniçerilerin gereksinimlerini karşılayan saraç, çizmeci, çadırcı, aşçı, ekmekçi, berber, doğraman vb zanaatçılar çalışırlardı. Yeniçeri Ocağı 1826’da kaldırılınca Ağa Kapısı binaları şeyhülislamlığa verildi.