Kentin bugünkü adının Ortaçağ’da bu yöreye verilen Polydorion adından geldiği sanılmaktadır. XI-XII. yy.’da Selçukluların eline geçti ve Türkmenlerin yoğun olarak bulunduğu sınır (uç) bölgesinde yer aldı. XIV. yy. başlarında Hamitoğulları’nın yönetimindeydi. XIV. yy. sonlarında Osmanlı topraklarına katılan Burdur, önce Hamit (Isparta) sancağına bağlı bir kaza, daha sonra Konya vilayetine bağlı bir sancak olarak yönetildi. Cumhuriyet döneminde il merkezi oldu.
Bugünkü Burdur’un yerinde bulunan antik Polydorion kentinden günümüze kalıntı ulaşmamıştır. Hacılar köyündeki Hacılar* höyüğü Anadolu’nun en önemli Yenitaş dönemi yerleşmelerindendir Düğer köyünde antik Tymbrianassos” kentinin kalıntıları vardır. Burdur kenti birinci derecede deprem kuşağı üzerinde olduğundan, Hamitoğulları ve Osmanlı dönemi yapıları özgün biçimlerini koruyamamış, birkaç kez onarım görmüştür. Bunların en önemlisi Hamitoğulları’ndan Dündar Beyin yaptırdığı Ulu Cami’dir (1299/1300). Bu yapı 1749’da Çelik Mehmet Paşa tarafından yeniletilmiş, 1914 ve 1971 depremlerinden sonra da onarılmıştır.
Öteki yapılar arasında Taş camisi ya da Taşdemir camisi (1782), Tilurizade Hacı Süleyman’ ın yaptırdığı Divanbaba camisi (1775), Çelik Mehmet Paşa tarafından medreseyle birlikte yaptırılan Şeyhsinan camisi (1776), 1842 tarihli vakfiyesinde muallim-hane olarak söz edilen Çeşmedamı camisi, Arap Selimoğlu’nun yaptırdığı Selimoğlu camisi, 1875 tarihli Hecin camisi, 1872’de onarılan Kayışoğlu camisi, Hıdırlık türbesi (XIV. – XV. yy. 1ar), Selimoğlu türbesi (1889), kentin en eski hamamı olan, ancak yapım tarihi bilinmeyen Baltaoğlu hamamı, 1803’te Mehmet Kethüda’nın yaptırdığı Eskiyeni hamamı, 1523 tarihli Tabak hamamı, bezemeleri ve taş işçilikleriyle dikkati çeken, ancak çok bakımsız olan çeşmeler sayılabilir. Günümüzde çok yıkık olan ve konukevi olarak yaptırılmış bulunan Koca oda ve Taş oda, XVIII. yy. Osmanlı sivil mimarlığının ilginç örnekleridir. Burdur, günümüzde işlevini yitirmiş olan tarihsel kütüphaneleriyle de dikkati çeker (Hamitoğulları dönemine tarihlenen ve Anadolu’daki en eski kütüphanelerden birini içeren Muzafferiye medresesi, 1808 tarihli Esatefendi kütüphanesi ve 1823’te yaptırılan Pirkulzade kütüphanesi).